El presente artículo de reflexión plantea que tanto el Tribunal para la Paz como las Salas de Justicia de la JEP son instituciones sui generis que se han forjado gracias a la evolución de los instrumentos y órganos judiciales que se han gestado desde el derecho internacional para la determinación de responsabilidades penales en escenarios de graves violaciones de derechos humanos y a las experiencias domésticas que en materia de justicia transicional ha experimentado Colombia. Para el desarrollo de la labor encomendada a la JEP, se han creado los principios de preferencia y prevalencia que rigen como presupuestos jurisdiccionales con la finalidad de que el Tribunal para la Paz y las Salas de Justicia de la JEP concentren y absorban el conocimiento de los casos asociados con el conflicto armado, que anteriormente correspondían a diversas autoridades jurisdiccionales e incluso disciplinares y fiscales. Este artículo busca reflexionar sobre la naturaleza institucional de la JEP como juez natural del conflicto armado colombiano, destacando varios rasgos particulares de sus órganos jurisdiccionales que le diferencian de los demás jueces y tribunales nacionales.