Este artículo analiza cómo las instituciones del Derecho penal pueden ayudar a la Jurisdicción Especial para la Paz a cumplir los objetivos esenciales de la Justicia Transicional como: promover la justicia y el esclarecimiento de violaciones a los derechos humanos, contribuir al fortalecimiento del Estado de Derecho y alcanzar la reconciliación. Concretamente, este artículo aborda tres instituciones que pueden permitir al sistema alcanzar este difícil reto: el régimen de condicionalidad, las sanciones especiales y el sistema de mayor y menor responsabilidad. Estas herramientas permiten que ex combatientes, miembros de la fuerza pública y agentes estatales no militares y civiles, contribuyan a la verdad, a la reparación de las víctimas, a la no repetición de los crímenes y participen en los procesos so pena de perder los tratamientos penales especiales o incluso ser expulsados del sistema.