El objetivo de este trabajo fue evaluar la eficiencia del sistema de lagunas de estabilización El Salguero mediante el uso de macroinvertebrados acuáticos. Se aplicó del índice BMWP/Col (adaptado para Colombia) y los índices ecológicos de diversidad alfa y beta. Se colectaron macroinvertebrados acuáticos en las lagunas anaeróbicas, facultativas y de maduración. Los 2619 individuos colectados estan distribuidos en tres phylum, tres Clases, cinco Órdenes y 14 Familias. Los resultados obtenidos demuestran la dominancia del orden Díptera. El índice BMWP/Col indica que existen diferencias entre la calidad de agua en las diferentes lagunas de estabilización. Los índices ecológicos alfa y beta mostraron valores de diversidad entre medio y bajo y asociaciones entre las diferentes familias de taxones. En conclusión, la mayor diversidad de los macroinvertebrados acuáticos se obtuvo en las lagunas de maduración siendo el orden Diptera los que tienen mayor presencia de individuos en cada fase de tratamiento.