El objetivo del presente artículo es analizar las redes de colaboración entre las Instituciones de Educación Superior (IES) en Colombia de acuerdo con el parámetro de “Top collaborating institutions” en ResearchGate. El artículo efectúa una comparación entre las redes de las Instituciones de Educación Superior acreditadas en alta calidad y las no acreditadas, de acuerdo con los lineamientos del Sistema Nacional de Acreditación en Colombia. El análisis de la colaboración institucional se realiza mediante la construcción de redes de trabajo conjunto, en el programa UCINET; se considera la primera universidad registrada en el “Top collaborating institutions” publicado en perfil de ResearchGate de cada Institución de Educación Superior. Los resultados demuestran que las instituciones acreditadas poseen una red de colaboración bien conectada e integrada. Por el contrario, las instituciones no acreditadas poseen una red de colaboración débil y poco interconectada. Además, las instituciones no acreditadas buscan colaborar principalmente con IES acreditadas y no entre ellas. De esta manera, los esfuerzos de las instituciones no acreditadas no están bien coordinados y se diluyen en la distribución de sus relaciones colaborativas.