Objetivo: identificar la influencia del sistema de salud colombiano sobre la autonomía profesional de odontólogos que ejercen en IPS públicas y privadas de Bogotá. Metodología: estudio cualitativo comprensivo, llevado a cabo con herramientas etnográficas como la entrevista semiestructurada. Las categorías de análisis fueron: autonomía profesional, modelos de atención, toma de decisiones y sistema contractual. La información se analizó de manera categorial, contextual y de contenido. Resultados: se evidenció que la autonomía profesional está limitada por el tiempo de atención para los pacientes (veinte minutos). Otra limitante es la restricción en la realización de procedimientos y, en ocasiones, los protocolos de atención. Por estas limitaciones, el odontólogo pierde habilidades y conocimientos adquiridos en la academia, sus habilidades y la seguridad en sí mismo. Discusión: el sistema de salud colombiano limita la autonomía profesional de los odontólogos que ejercen en IPS públicas y privadas. La autonomía profesional, relacionada con la toma de decisiones, es un eje importante del ejercicio asistencial. Ejercer la autonomía profesional permite lograr razonamientos ético-clínicos, desarrollar destrezas y promover el bienestar de los pacientes, es decir, el compromiso bioético (beneficencia, no maleficencia y justicia), y el respeto.