El presente artículo analiza las consecuencias que trae para el sistema de salud colombiano el cambio de la variable sexo en el documento de identidad de una persona transgénero, quien puede identificarse legalmente con un sexo, pero conservar la biología de otro. A partir de una investigación de tipo documental y exploratoria, fue posible concluir que para el sistema es importante la identidad biológica de las personas, ya que se utiliza para realizar gestión de riesgo en salud, y se usa para calcular los ingresos en capitación para las entidades promotoras de salud, por lo cual se recomienda tener esta variable en cuenta en el sistema.