El propósito del presente artículo de investigación es determinar la influencia de la metodología del aprendizaje basado en problemas (ABP) en el nivel de desarrollo de las competencias científicas en biología en estudiantes de básica secundaria noveno grado. Se organizaron tres planes de clases de biología fundamentados en el ABP siete pasos de Maastricht, compuestos por tres dimensiones: uso comprensivo del conocimiento científico, explicación de fenómenos e indagación. El estudio está enmarcado en el enfoque cuantitativo, y es de tipo cuasiexperimental con una estrategia longitudinal de medidas repetidas con un grupo experimental conformado por 60 estudiantes. Los resultados obtenidos a lo largo del proceso de la investigación pudieron establecer que la implementación del ABP permitió mejorar significativamente las competencias científicas en los estudiantes intervenidos, además de permitir la apropiación de teorías, contenidos y saberes con los que el estudiante puede afrontar de mejor manera situaciones cotidianas y no cotidianas en las cuales requiere producir, apropiar o aplicar comprensiva y responsablemente los conocimientos científicos adquiridos.