La prevalencia del síndrome de intestino irritable (SII) pediátrico es 1,2%-5,4%, y los subtipos en niños latinoamericanos, no está especificada. El objetivo de este estudio es caracterizar los subtipos del SII y sus posibles asociaciones. Estudio de prevalencia en niños entre los ocho y 18 años de edad con SII según los Criterios de Roma III. Se tomaron variables sociodemográficas, familiares y clínicas. Los subtipos de SII se consideraron por la consistencia de las heces en SII con estreñimiento (SII-e); diarrea (SII-d); mixto (SII-m) y sin subtipo (SII-ss). La estadística incluyó análisis uni y bivariados. Los datos fueron analizados usando t-student a dos colas, chi2, prueba exacta de Fisher y razón de prevalencia (RP) con IC95%, siendo p<0,05 significativa. Fueron incluidos 196 niños (53,6% femeninos; mediana de 11 años); presentándose SII-ss en 64,8%, SII-e en 19,9%, SII-m en 8,7% y SII-d en 6,6%. Hubo diferencias significativas en las características de las heces (p=0,01), en la incontinencia fecal (p=0,02), en los fecalomas (p=0,00); y posibles asociaciones entre el SII-d, ciudad (p=0,00) y malnutrición (p=0,02). En conclusión, luego del SII-ss, ¼ de los niños estudiados presentó SII-e, seguido del SII-m y SII-d; presentándose el SII-d con mayor oportunidad en malnutridos.