El Dengue es una enfermedad viral endemo-epidémica más importante en términos de morbilidad y mortalidad. La proteasa NS3 es un objetivo atractivo para el desarrollo de nuevos inhibidores antivirales y su estructura tridimensional ha sido determinada, pero los determinantes necesarios para la activación de la enzima por el cofactor NS2B solo han sido caracterizados en forma limitada. Quince compuestos que corresponden a una serie de inhibidores de la proteasa NS2B/NS3 del virus del dengue, con actividad inhibitoria in vitro comprobada, fueron sometidos a modelado molecular con docking y 3D-QSAR. Los péptidos que tienen sustituyentes más grandes en tamaño poseen actividades inhibitorias más altas que aquellos que no tienen grupos grandes. Se hacen recomendaciones de modificaciones estructurales derivadas del estudio 3D-QSAR para aumentar la actividad biológica de estos péptidos.