El estudio de lagos como fuentes de recursos naturales de diversa índole constituye una preocupación de entidades que regulan su manejo en conservación y producción sostenible en interacción de factores bióticos y abióticos que afectan el ecosistema. En consecuencia, éste proyecto puede generar información científica permanente para un plan de ordenamiento de la cuenca del lago Guamuez en cumplimiento de compromisos internacionales y nacionales en la conservación del humedal La Cocha. La presente investigación mediante 12 muestreos periódicos en cinco estaciones: 1. Intiyaco (E1), zona superficial (A) y zona profunda (B); las siguientes estaciones se ubicaron a partir de E1; estación 2. 50 metros (C); 3. 100 metros (D); 4. 150 metros (E) y 5. Centro del lago (F), análisis de varianza, prueba de normalidad y correlación, pretendió evaluar el efecto de las explotaciones acuícolas en jaulas flotantes sobre las variables fisicoquímicas y biológicas del lago Guamuez. La condición limnológica, presentó diferencias significativas entre aguas superficiales y profundas (respectivamente NH-N y DB, con P-PO, DQ, Colift y Coliff); el pH y NTU en A y B, difieren de los demás sitios evaluados. Existe mayor concentración (P<,05) de OD y %O en estación 3. En el año 2008 las estaciones 1 y 5 señalan mayor media en la estimación de OD, pH, Dur y DB y para el año 2018, aumentó los parámetros limitantes hacia el centro del lago (NH-N, P-PO, NTU y Colift); así, el 70% de los parámetros de evaluación en el proyecto Intiyaco, aumentaron su estimación media entre los años 2008 y 2018 (DB, OD y %O). La concentración de E. coli presenta mayor media (P<0,05) en B y difiere de A, C, D, E y F; mientras fosfatos y Colift difieren (P<0,05) entre A y las estaciones B, C, D, E y F.