Este estudio identifica una técnica para medir el capital intelectual en una institución de educación superior, basada en la evaluación de eficiencia de la inversión en investigación científica, a partir de los recursos económicos asignados, en relación con los componentes del capital intelectual: capitales humano, estructural y relacional. En un modelo de regresión ANCOVA con datos en panel, se relacionan los ingresos y egresos registrados a nivel contable. Se evidencia diferencia estadística significativa entre los tres componentes, siendo el capital estructural el más relevante. Esto permite medir la eficiencia en la gestión de los recursos, administrar e incentivar la competencia institucional en la gestión y transferencia de nuevo conocimiento a la sociedad.