Las enfermedades de origen zoonótico han sido gravemente descuidadas en países en vía de desarrollo, sin tener en cuenta que esto puede tener graves implicaciones a nivel de salud pública, particularmente para Colombia, en las últimas décadas se han dado fuertes cambios sociales que han implicado, entre otras cosas, el aumento de la tendencia a la posesión de animales de compañía incluyendo a Equus ferus caballus, para el cual, la microbiota asociada ha sido mal estudiada en comparación con otros animales. Por lo anterior, se planteó como objetivo identificar la microbiota bacteriana y parasitaria asociada a la materia fecal de Equus ferus caballus, para cumplir dicho objetivo, se tomaron muestras independientes para cada uno de los fines, realizando la concentración de parásitos mediante la técnica de Ritchie y cultivo de bacterias para su posterior identificación mediante el Kit BD BBL CRYSTAL E/NF y GP. Para el análisis de los datos se realizó regresión logística mediante Statgraphics. Se lograron aislar 19 bacterias de las cuales seis fueron explicadas por al menos uno de las variables tenidas en cuenta. Nueve de las bacterias aisladas no se habían reportado con anterioridad para equinos. Se reportan tres géneros de parásitos nuevos para la especie (Balantidium sp, Cyclospora sp. y Taenia sp.) y cuatro nuevos para el país (Allantosoma sp, Blepharocorys sp, Cycloposthium sp. y Bundleia sp.) Se concluye que las variables tenidas en cuenta si tienen influencia en la incidencia de algunos microorganismos aislados, de igual manera se reportan nuevas especies de bacterias para Equus ferus caballus así como de parásitos.