Objetivo: estandarizar una qPCR para la determinación de T. pallidum en muestras de suero de pacientes con sífilis gestacional y congénita.Materiales y métodos: se optimizó una qPCR con sonda para la amplificación del gen TpN47 en muestras de suero, se evaluó la sensibilidad, especificidad y eficiencia analítica de la técnica. Se comparó con pruebas serológicas (VDRL y TPPA) y se calculó índice de concordancia Kappa. Resultados: la qPCR mostró un límite de detección de 0.113 femtogramos, especificidad analítica del 100% y fidelidad de 104%. Se evidenció correlación optima en la prueba, sugerida por un r2 de 0.99 y un valor p <0,0001 de la qPCR. Se observó acuerdo entre las pruebas serológicas y moleculares.Conclusiones: se desarrolló una herramienta molecular prometedora con buena sensibilidad, óptima especificidad analítica y gran potencial diagnóstico para la detección y hallazgo de T. pallidum subsp. pallidum, a través de la amplificación del gen TpN47 en muestras clínicas de pacientes con diagnóstico presuntivo de sífilis gestacional y congénita.