Introducción: la detección de resistencia a meticilina en aislados de Staphylococcus aureus por el laboratorio es difícil debido a la heterogeneidad en la expresión fenotípica en estas bacterias. Objetivos: comparar métodos fenotípicos y moleculares para la detección de resistencia a meticilina en Staphylococcus aureus. Materiales y métodos: se evaluó la resistencia a la meticilina en 50 aislados de Staphylococcus aureus por los métodos de difusión en agar, microdilución en caldo y dilución en agar. Se utilizó la reacción en cadena de la polimerasa para detectar el gen de resistencia mecA como estándar de referencia. Se determinó para cada método la sensibilidad, especificidad, valores predictivos y eficiencia. Resultados: la resistencia a la meticilina se encontró en el 50% (25/50) de los aislados de Staphylococcus aureus por los métodos de difusión en agar, microdilución en caldo (cefoxitina) y dilución en agar, y en el 52% (26/50) por microdilución en caldo (oxacilina). El 42,0% (21/50) de los aislados presentaron el gen mecA. Del total de aislados, 10 (20%) demostraron un fenotipo discrepante al obtenido molecularmente, siete falsamente resistentes y tres falsamente sensibles. La sensibilidad de los métodos fenotípicos varió entre 85,7% y 90,5%, la especificidad entre 75,9% y 79,3%, el valor predictivo positivo entre 72,0% y 76,0%, el valor predictivo negativo entre 88,5% y 92,0% y la eficiencia entre 80,4% y 84,0%. Conclusiones: los resultados demostraron que los métodos fenotípicos son confiables para la detección de resistencia a la meticilina de Staphylococcus aureus.