Las geociencias, las ciencias cognitivas, las ciencias de la complejidad son elementos basicos para el desarrollo de nuevas metodologias que promuevan el mejoramiento del pensamiento espacial en ambitos escolares. Sin embargo, la desconexion de conceptos, instrumentos y metodos para la ensenanza del mismo, se ha convertido en la mayor limitante para su desarrollo. En este contexto, este trabajo pretendio, promover el desarrollo del pensamiento espacial desde la generacion de un entorno auto-organizante, adaptable y colaborativo entre pares, con soporte en un enfoque de sistemas complejos. Para tal fin, se desarrollo una metodologia de aprendizaje que promovio la colaboracion y la adaptacion a nuevas situaciones, como parte del desarrollo del pensamiento complejo en ninos con diversas capacidades y competencias. Las fases metodologicas comprendieron la caracterizacion de pre-saberes sobre formas, regiones, paisajes, entre otras. Posteriormente se dio la generacion de redes de empatia y finalmente una red de liderazgo. El resultado de la mediacion, mostro un incremento porcentual de hasta el 180% en algunos alumnos. No obstante en todos los casos el pensamiento espacial alcanzo el mas del doble del desarrollo hallado en el pretest. En este aspecto, hubo diferencias altamente significativas (p<0,001) antes y despues de la intervencion basada en la auto-organizacion. Los resultados de esta investigacion permitieron observar que el conocimiento mediado por la cooperacion no es uno de los valores en el aula de clase, como si lo es la competencia. Sin embargo, el enfoque desde los sistemas complejos, permitio la mejor interaccion de los estudiantes y el desarrollo de un aprendizaje colectivo que permitio un mejor flujo de la informacion en cuanto al pensamiento espacial.