Las enfermedades neurodegenerativas constituyen un problema global de salud pública que tiende a incrementarse. En la búsqueda de alternativas terapéuticas frente a estas afecciones aparecen los microquimerismos fetomaternales (células fetales en estados inmaduros de diferenciación adquiridas durante el embarazo) que, al tratarse de células madre, suponen una opción terapéutica similar a la terapia celular. Estudios recientes han demostrado el papel protector de los microquimerismos en la enfermedad de Alzheimer y la esclerosis múltiple; sin embargo, al tratarse de células provenientes de otro organismo surge la posibilidad de que induzcan una respuesta inmune que lleve a la aparición o potenciación de los procesos inflamatorios propios de las enfermedades neurodegenerativas. De acuerdo con lo anterior, diversos estudios han sugerido un papel de los microquimerismos en el desarrollo de enfermedades autoinmunes. El esclarecimiento de las características, funciones, vías de ingreso, localización e interacciones de los microquimerismos con el sistema inmune del organismo hospedero es relevante en la medida en que pueden guiar el desarrollo de tratamientos frente a este tipo de enfermedades. En esta revisión se describen algunos de estos aspectos relevantes.