La ciencia, la tecnología y la innovación comportan de manera creciente niveles de complejidad e inversión, lo que requiere de decisiones de focalización en contextos de problemas públicos persistentes. El objetivo de este artículo es analizar un instrumento de política para asignar recursos a la investigación y la innovación en temas prioritarios. El trabajo presenta una descripción sobre los conceptos que han sustentado los enfoques, los instrumentos y las formas de gestión de política científica y tecnológica en América Latina en distintos períodos históricos. A partir de dichas herramientas, aportadas por los estudios de Ciencia, Tecnología y Sociedad, se analiza la creación e implementación reciente del Programa Institucional y Multidisciplinar en Temas Prioritarios de la Universidad Nacional de Córdoba (Argentina). El enfoque metodológico es cualitativo y la estrategia de investigación empleada consiste en estudio de caso, aplicando técnicas de revisión bibliográfica, análisis documental y entrevistas semiestructuradas.