El desarrollo masivo de cianobacterias y la contaminación por cianotoxinas constituyen una problemática ambiental de especial interés en los sistemas acuáticos, debido a los diversos impactos negativos que los florecimientos (blooms) de cianobacterias pueden ocasionar. Dada la importancia recreacional y de abastecimiento de los embalses Abreo - Malpaso, Peñol - Guatapé y Playas, ubicados en el oriente de Antioquia - Colombia, en este estudio, se estimó la densidad de cianobacterias planctónicas y otros organismos del fitoplancton, así como el biovolumen geométrico, la relación superficie volumen (S/V) y la dimensión lineal máxima (DLM), a través de cuatro muestreos, en tres estaciones, para cada uno de los embalses. Se identificaron, dentro del phylum Cyanobacteria, con potencial de producción de cianotoxinas, el complejo Microcystis , los géneros Woronichinia , Aphanocapsa y Oscillatoria y la especie Radiocystis fernandoi . Al aplicar la prueba no parámetrica Kruskal – Wallis, no se encontraron diferencias significativas entre los embalses estudiados (p>0,05); sin embargo, el embalse El Peñol – Guatapé presentó la mayor biomasa algal y densidad de cianobacterias, por lo que, según los niveles de riesgo planteados para los embalses estudiados y de acuerdo con las características morfológicas de estos organismos, este embalse presenta un nivel de riesgo Medio Alto con relación a la presencia y morfología de las cianobacterias, mientras que los embalses Abreo – Malpaso y Playas están asociados a un riesgo Medio Bajo. Se sugiere establecer medidas de control y de prevención, con el fin de evitar un desarrollo masivo de cianobacterias, una potencial presencia de cianotoxinas y afectaciones graves a seres humanos y animales.