Este documento hace referencia al microcosmos existente en Bogotá, el cual es necesario conocer para minimizar sus efectos en la población e incrementar sus aplicaciones benéficas. Se hace una reseña respecto a los microorganismos y sus características de acuerdo a la capacidad de adaptación a factores extremos, los riesgos que representan para la comunidad por enfermedades, contaminación de frutas o hortalizas y presencia en sitios públicos y algunas aplicaciones más comunes en biotecnología, descontaminación del aire y agua, concluyendo con algunas recomendaciones para disminuir su proliferación.