El objetivo de este artículo fue proponer y aplicar un método de valoración para las pymes en Colombia. Se diseñó una metodología de valoración basada en el flujo de caja y se utilizó en las empresas Colombiana de Carnes CJC S. A. S., Comercial Química Ltda. y Distrimarcas S. A. S. con información del 2002 al 2016. En las empresas objeto de estudio se realizó un análisis estratégico para analizar los factores de éxito y los riesgos que tiene el sector, conjuntamente se evaluó su información contable y financiera para finalmente realizar las proyecciones necesarias para determinar el valor intrínseco de las pymes. Se encontró que la valoración es mayor al valor de los activos en las empresas de estudio, a excepción de CJC S. A. S. que registra un valor menor debido a que sus flujos de caja libre han disminuido por problemas en la administración de sus recursos operacionales. Este modelo de valoración demuestra que es consistente con la información financiera y con la situación de la empresa por lo que es adecuado para aplicarlo en la mayoría de las pymes en Colombia realizando los ajustes pertinentes al sector y particularidades de cada una.