En Colombia, los estudios de calidad del agua se han basado en su gran mayoría en información fisicoquímica o bacteriológica, y solamente en las últimas décadas se ha comenzado a integrar e implementar la bioindicación. El propósito del estudio fue caracterizar la calidad del agua del río Frío, usando macroinvertebrados bentónicos como indicadores biológicos, junto con parámetros fisicoquímicos. Con esta integración entre los índices bióticos y fisicoquímicos se determinó la calidad del agua de forma más precisa, debido a que se generó un acercamiento más detallado al estado del río Frío. Una vez muestreados e identificados los macroinvertebrados, se calcularon los índices de calidad BMWP/Col, ASTP, IBF, EPT, y los índices de biodiversidad Shannon-Weaver, riqueza específica, diversidad de Margalef y Menhinick. El número total de individuos resultado del estudio en la cuenca correspondió a 687, representados por 12 órdenes, 24 familias y 25 géneros. Adicionalmente, se llevaron a cabo un análisis de varianza y un análisis multivariante, a través de una correlación canónica. Finalmente, se determinó que la calidad del agua del río Frío es moderadamente contaminada; además, presenta una baja biodiversidad en las especies de macroinvertebrados, y se encontró que el resultado de los índices son independientes de las temporadas climáticas.