La diversificación en la oferta de la piscicultura, ha llevado a la hibridación de especies de alto valor comercial, como los grandes bagres de la familia Pimelodidae, en busca del mejoramiento de características relevantes. Sin embargo, uno de los principales problemas de ésta práctica, es que morfológicamente los híbridos son similares a los parentales o con formas intermedias difíciles de diferenciar. Las nuevas herramientas morfométricas como la geometría han logrado evaluar cuantitativamente los cambios morfológicos, coadyuvando a esclarecer problemas de diferenciación morfológica. Con el fin de evaluar las relaciones morfométricas y establecer si, las características analizadas son intermedias en el híbrido con respecto a los parentales, se realizó la caracterización morfométrica de 20 ejemplares adultos de Pseudoplatystoma metaense, 21 de Leiarius marmoratus y 12 del híbrido Pseudoplatystoma metaense x Leiarius marmoratus, para un total de 53 individuos evaluados. Se realizaron análisis de morfometría lineal, utilizando medidas corporales y craneales, sustentadas en los análisis de componentes principales y discriminantes, como una forma de evaluar el contorno de los ejemplares. Para el análisis osteológico, se utilizó el neurocráneo, obtenido mediante el protocolo de maceración; con fotografías, éstos fueron analizados mediante morfometría geométrica con los programas de la serie IMP. De esta forma, se encontró que las similitudes observadas a simple vista en el híbrido respecto a sus parentales, no son representativas y por lo tanto, estadísticamente se evidenciaron tres grupos morfológicos definidos que separan a las especies parentales y el híbrido, obteniendo así, una herramienta de fácil identificación. En el análisis osteológico, se encontraron similitudes entre los neurocráneos del híbrido y de Pseudoplatystoma metaense, lo que plantea un patrón de herencia en el que se pueden evaluar posibles convergencias y divergencias como consecuencia de la hibridación.