Los macroinvertebrados acuáticos son un grupo bien conocido en ecosistemas lóticos, pero poco estudiados en ecosistemas lénticos. En Colombia los estudios sobre la relación de este grupo con las raíces de macrófitas flotantes es escaso, por lo tanto, el objetivo de este trabajo es determinar la asociación entre Eichhornia crassipes y macroinvertebrados acuáticos, y su relación con variables fisicoquímicas, como oxígeno disuelto, pH, sólidos totales disueltos, alcalinidad, transparencia, cobre, temperatura del agua, cloro libre, cloro total, profundidad de la ciénaga y cobertura de la macrófita en la ciénaga de Palagua (Colombia). Se registraron 11.759 macroinvertebrados, pertenecientes a 37 familias, siendo los Planorbidae y los Cyclestheriidae los más abundantes. Dentro de los parámetros fisicoquímicos, la alcalinidad presentó diferencias significas a nivel temporal, mientras que a nivel espacial solamente la cobertura de la macrófita presentó diferencias. A su vez, el coeficiente de Spearman mostró correlación significativa pero inversa entre la profundidad de la ciénaga y el oxígeno disuelto y el análisis de correspondencia canónica indica que la alcalinidad y la profundidad son las variables que más influencia tuvieron sobre los macroinvertebrados. La diversidad de familias reportada en el estudio fue alta si se compara con los datos disponibles en la literatura.