El objetivo del artículo es analizar la relación entre la gestión del capital intelectual y el desempeño de grupos de investigación universitarios. Se realizó un análisis clúster y de la varianza (ANOVA con comparaciones post-hoc) para identificar diferencias en medias significativas con datos obtenidos de una muestra de 288 grupos de investigación de universidades en Colombia. Los resultados ponen en evidencia la existencia de tres tipos de grupos: líderes, seguidores y rezagados. Entre ellos encontramos diferencias significativas en cuanto a la publicación de artículos científicos que tienen que ver con dos aspectos específicos de la gestión del capital intelectual: i) la evaluación sistemática de las competencias y el inventario de conocimientos del grupo, y ii) la existencia de una estrategia clara para desarrollar nuevas competencias y adquirir nuevos conocimientos. En conclusión, es necesario revaluar el enfoque tradicional de capital intelectual en universidades que limita la gestión de la construcción y monitoreo de indicadores.