Se analizan los patrones de colaboración del sistema de investigación agropecuario en Colombia que surgen de la conformación de colegios invisibles. El análisis se hace en tres niveles: macro, referido a los patrones generales que organizan la colaboración en colegios invisibles, meso, que describe la capacidad de enlace de las distintas organizaciones en el sistema y micro, la conformación de colegios invisibles que permiten observar la diversidad temática. La combinación de los tres niveles, reflejan un sistema de investigación en proceso de consolidación, pero aún frágil. Para este estudio se consideraron las publicaciones realizadas en revistas Web of Science por autores adscritos al Programa Nacional de CTI en Ciencias Agropecuarias y aquellos relacionados con la emergencia de comunidades temáticas derivadas el acoplamiento bibliográfico. Metodológicamente se aplica un análisis multinivel de redes de co-citación y colaboración empleando coeficientes de correlación, identificando conectores del sistema y detectando las comunidades semánticas que se constituyen en colegios invisibles.