Mediante un conjunto de herramientas se busca optimizar la medición de la diversidad para la compresión de las comunidades biológicas y su relación con el entorno de un embalse. Se planteó diagnosticar la diversidad de cuatro comunidades acuáticas. Se realizaron tres campañas de muestreo durante 2016 y 2017, estableciendo estaciones en el embalse y en la quebrada, que aporta mayor caudal. El sistema lótico obtuvo una relación representativa entre la riqueza numérica y el índice de diversidad (r=0.85 y p<0.05). El sistema léntico obtuvo asociaciones entre el índice de equidad con el de diversidad (r=0.94 y p<0.05). Para ambos sistemas el índice de dominancia presento asociamos inversas con el índice de diversidad (r=0.9 y p<0.05). Indicando que cambios en el índice de diversidad pueden explicar los cambios en las otras métricas. Así mismo se encontró que la distribución de los organismos fue dependiente del tipo de ecosistema.