La enfermedad fungosa más limitante del duraznero (Prunus pérsica, L. Batsch) en Colombia es la pudrición parda, Monilia spp., que afecta flores, brotes y frutos, causando pérdidas hasta del 80%. El objetivo de la investigación fue identificar el patógeno asociado a pudrición parda en cuatro variedades: Dorado, Rubidoux, Diamante y Rey negro en el departamento de Boyacá. El estudio inicio con la colecta de frutos enfermos en Jenesano, Paipa, Tuta, Sotaquirá y Nuevo Colón. En laboratorio se realizó la obtención, aislamiento y purificación de los hongos presentes. Se realizó también caracterización morfológica de las colonias y conidias sobre cultivos monospóricos y caracterización molecular mediante amplificación por PCR del ADN ribosomal empleando iniciadores ITS4 e ITS5. Se obtuvieron 32 aislamientos del género Monilia y se identificaron tres especies presentes en la zona muestreada: Monilia fructícola, Monilia fructígena y Monilia laxa, en 62,5%, 25% y 12,5%, respectivamente. En la amplificación de la región ribosomal se observaron diferencias entre las dos primeras especies, en el tamaño de las bases amplificadas, siendo M. fructicola de 550 pb y M. fructigena de 545pb. Este trabajo contribuye a la caracterización de las especies de Monilia que afectan al duraznero en varias regiones del departamento de Boyacá.