Colombia cuenta con tres razas de cerdos criollos (San Pedreño, Zungo y Casco de Mula), los cuales se encuentran en el país hace 500 años aproximadamente y están en riesgo de desaparecer debido a sus reducidas poblaciones y al uso preferente de razas foráneas mejoradas en los sistemas de producción. Para conservar las razas criollas se crearon los bancos de germoplasma, cuyas poblaciones se han mantenido como núcleos cerrados. El objetivo del estudio fue realizar un análisis de pedigrí para caracterizar la estructura genética de la población de cerdos San Pedreño del banco de germoplasma. Información genealógica colectada entre 2008-2017 se analizó para estimar el intervalo generacional, nivel de integridad del pedigrí, consanguinidad y evolución a través del tiempo. Los animales nacidos entre 2015 y 2017 se seleccionaron como población de referencia para estimar el tamaño efectivo poblacional y parámetros derivados de la probabilidad del origen genético. El intervalo generacional promedio para el periodo estudiado fue de 2.13 años y la consanguinidad general de 4.66%. Para la población de referencia, la consanguinidad fue del 6.73% y el tamaño efectivo poblacional de 25.31, en tanto que el número efectivo de fundadores y ancestros fue de 13 y 7 individuos, respectivamente; lo que ha conllevado a cuellos de botella en la población. Los resultados indican que para mantener la variabilidad genética y reducir los niveles de consanguinidad es necesario incluir individuos no emparentados de otras poblaciones.