En el rumen se hospedan especies de bacterias (1010-1011/mL), arqueobacterias (107-109/mL), protozoarios (104-106/mL), hongos (103-106/mL) y virus, definidos como bacteriofagos (109-1010/mL). Este ecosistema es dinamico y las interacciones microbiologicas que favorecen el metabolismo para mantener las condiciones fisicas y quimicas de la fermentacion ruminal. Los bacteriofagos pueden influir en el metabolismo ruminal mediante la lisis de un gran numero de bacterias (e.j. celulolitica, fibroliticas, amiloliticas), que participan en la degradacion y conversion del alimento en acidos grasos de cadena corta y otros acidos organicos que pueden reducir el pH ruminal. Streptococcus bovis es una bacteria amilolitica productora de acido lactico y de forma experimental se han usado bacteriofagos especificos, como alternativa de prevencion de la acidosis ruminal subclinica (ARS), enfermedad asociada a la proliferacion de esta bacteria en el rumen de vacas de alta produccion lechera. La presencia de material genetico viral en las bacterias ruminales es un indicio de la probable interaccion de regulacion del crecimiento de una especie y la transduccion de ADN, con el fin de compartir patrones de resistencia, manteniendo asi un grupo de bacterias adaptadas a la variacion ambiental, con lo cual el rumiante adquiere mayor rusticidad para aprovechar y fermentar fuentes de alimentacion segun su sistema productivo.