El objetivo del presente estudio fue determinar los niveles de preferencia de especies de trips por estructuras aéreas de las plantas de algodón. Para ello, en el valle cálido del alto Magdalena en la región Andina de Colombia, se coleccionaron e identificaron especies de trips asociadas al sistema productivo de algodón. Se muestrearon 60 fincas productoras en fase de llenado de cápsulas, donde la planta de algodón presentó los microhábitats: hoja joven, botón floral, flor y cápsula. Se realizaron análisis de agrupamiento de Bray-Curtis y pruebas no paramétricas de Kruskall-Wallis. Las especies registradas fueron Thrips palmi, Scirtothrips dorsalis y Frankliniella cephalica. Thrips palmi (n=3595; µ = 14,97 ± 32,35) fue la más frecuente, seguida por S. dorsalis (n = 856; µ = 3,56 ± 6,35) y Fr. cephalica (n = 405; µ = 1,68 ± 9,13). Thrips palmi se encontró en todos los microhábitats; S. dorsalis prefirió cápsula, seguido de hoja joven y botón floral. Frankliniella cephalica mostró preferencia por las flores. El presente estudio reveló la acción fitófaga de T. palmi y S. dorsalis como insectos con preferencia intra-hospedante del tipo generalista, hacia hojas (filofagía), botones florales (antofagía) y cápsulas (carpofagía). Frankliniella cephalica se comportó como especialista en flores (antofagía) de algodón.