La cuenca del Lago de Tota ha sido modificada por diversas actividades humanas, como deforestación, piscicultura y el monocultivo de cebolla larga (Allium fistulosum) con un elevado uso de agroquímicos y gallinaza cruda, causando deterioro de las características ecológicas del sistema léntico de alta montaña más grande de Colombia. En este trabajo se implementaron pruebas de toxicidad para determinar posibles efectos deletéreos sobre H. attenuata y D. magna. Se aclimataron los organismos y validaron los ensayos de toxicidad en condiciones de laboratorio, posteriormente se realizó la evaluación de agua y sedimentos (elutriados) provenientes de afluentes de la cuenca del lago: Hato Laguna, El Tobal, Los Pozos y Agua Blanca, durante dos periodos hidroclimáticos contrastantes. Se evidenció una mayor sensibilidad con los ensayos en H. attenuata, ya que señalan que aguas y elutriados de Hato Laguna, El Tobal y Los Pozos generaron respuestas de subletalidad (Kruskal-Wallis; P < 0.05) y letalidad. Se registra presencia positiva de al menos cinco plaguicidas no cuantificados antes en la cuenca (clorotalonilo, aldrin, dieldrin, DDT y congéneres). Estos resultados indicarían una potencial influencia negativa de las actividades antropogénicas sobre organismos acuáticos nativos, con posibles consecuencias sobre la composición, estructura y función de las comunidades hidrobiológicas.