<bold>Objetivo.</bold> El brote por virus del Zika afectó a varios países tropicales durante 2015 y 2016. Esto obligó a crear estrategias de vigilancia intensificada de microcefalia y otros síndromes neurológicos. Se evaluó el efecto del brote por virus del Zika en la notificación de defectos congénitos en Colombia desde la perspectiva del sistema nacional de vigilancia. <bold>Métodos.</bold> Se analizó la notificación nacional de recién nacidos con diferentes defectos congénitos y se determinaron las variaciones en la notificación atribuidas a la epidemia mediante un modelo semiparamétrico denominado “diferencia en diferencias” (DID). <bold>Resultados.</bold> Un total de 18 234 casos por defectos congénitos fueron notificados en Colombia durante el período de estudio. La mayoría eran malformaciones congénitas (91,9%). El 82,3% se confirmó por diagnóstico clínico o nexo epidemiológico. En el caso de la microcefalia, se notificaron ocho casos nuevos por semana epidemiológica (coeficiente de notificación de casos [D] = 8,8; <italic>P</italic> = 0,000) y 32 casos por otras malformaciones congénitas anatómicas (D = 32,0; <italic>P</italic> = 0,000). El valor absoluto del estimador de diferencia en diferencias atribuido al brote por virus del Zika incrementó la notificación semanal de casos de microcefalia (DID = |-5,0|; <italic>P</italic> = 0,008) y malformaciones congénitas (DID = |-12,0|; <italic>P</italic> = 0,111). <bold>Conclusiones.</bold> El brote por virus del Zika incrementó la notificación de recién nacidos con microcefalia, pero sin ninguna variación significativa en la notificación de otras malformaciones y defectos congénitos funcionales de origen sensorial o metabólico en el sistema de vigilancia.