Se analizaron los rasgos morfológicos de volumen, dimensión linear máxima y relación superficie: volumen del ensamblaje fitoplanctónico, de seis sistemas leníticos de diferente origen y morfología, entre ellos lagos de alta montaña y lagos de inundación de tierras bajas o ciénagas, ubicados en las regiones Amazónica, Andina y Caribe de Colombia. En este país, los estudios sobre la estructura de ensamblajes fitoplanctónicos abordados desde el punto de vista de los rasgos morfológicos son escasos y los pocos que se han adelantado se han desarrollado en sistemas de alta montaña, siendo muy escasos los de ciénagas. El objetivo de esta investigación fue analizar la variabilidad de los atributos morfológicos y en consecuencia las estrategias del fitoplancton asociado a seis sistemas lénticos. Se encontró que en ambientes someros, turbios y cálidos se presentaron organismos caracterizados por una alta relación S/V, presencia de organismos con mucílago, flagelos y células especializadas como aerótopos y heterocitos; en contraste, en ambientes profundos, claros y de menor temperatura predominó fitoplancton de mayor tamaño y con baja ocurrencia de rasgos categóricos o especiales, evidenciando diferencias morfológicas del ensamblaje del fitoplancton en sistemas condicionados por diferente origen, tipología e hidroclimatología.