El fitoperifiton contribuye significativamente a la dinámica de los ecosistemas, ya que oxigena el agua, aporta materia orgánica y proporciona abrigo y alimento a los organismos acuáticos. En ese contexto, el presente estudio se orientó a determinar su dinámica en el río Anchique, cuenca andina colombiana de gran relevancia. Los muestreos se hicieron en cuatro puntos localizados a lo largo del río en temporadas meteorológicas contrastantes mediante la metodología de raspados de superficie en dos sustratos naturales (roca y tronco). Se registró una densidad relativa de 5.070 organismos/cm2 distribuidos en cinco divisiones, nueve clases y 59 géneros, siendo la división Bacillariophyta la más abundante. La estación E1 presentó los valores más altos de diversidad efectiva (q:0, q:1 y q:2), mientras que la E4 registró los valores más bajos. El sustrato de roca presentó las mayores densidades relativas. Se encontró una relación inversa entre el caudal y la densidad relativa de los organismos, con altas densidades relativas en los meses de pocas precipitaciones y menores en los meses de intensas precipitaciones. Se concluyó que las temporadas meteorológicas y el grado de intervención antrópica son algunos de los factores relevantes en la composición y estructura de la comunidad fitoperifítica en la cuenca del río Anchique. © 2019. Acad. Colomb. Cienc. Ex. Fis. Nat.