Las capacidades de investigacion son habilidades que empoderan a las universidades para de diseminar conocimiento cientifico de alta calidad. Actualmente, el modelado de sus dinamicas es una de las principales preocupaciones de los grupos de interes relacionados a la actividad cientifica, incluida la administracion de las universidades, el sector privado y el gobierno. En este contexto, el presente articulo busca abordar el problema de modelar capacidades de sistemas de investigacion, presentando la Dinamica de Sistemas como una herramienta metodologica efectiva para el tratamiento de datos contenidos en indicadores de capital intelectual y permitiendo la estimacion de parametros, condiciones y escenarios. La principal contribucion se centra en el modelado y las simulaciones logradas para varios escenarios, las cuales despliegan las variables criticas y mas sensibles para la construccion y/ o fortalecimiento de capacidades de investigacion. El establecimiento de parametros con tecnicas de regresion, permiten modelar de manera mas precisa la dinamica de las variables. Este es un aporte interesante en terminos de la confiabilidad de simulaciones que mas adelante pueden emplearse para realizar cambios administrativos para la gestion de la investigacion universitaria. Trabajos futuros con tecnicas alternativas de modelado para sistemas sociales permitiran ampliar el alcance de este tipo de estudios