Este estudio se basó en la identificación de macroinvertebrados tolerantes o susceptibles a la contaminación y la medición de parámetros fisicoquímicos en la cuenca baja del río Fraile y la acequia Carisucio del municipio de Florida Valle, con el objetivo de analizar la calidad del agua en el área urbana, a partir de muestreos realizados en tres puntos ubicados en cada uno de los cauces durante el periodo de junio a octubre de 2015. Como resultado de los análisis fisicoquímicos, los cauces presentan un incremento en el índice de mineralización ICOMI, proveniente de las descargas de actividades porcícolas y avícolas, además de agua residual doméstica. En el caso del análisis biológico se evidenció que el 83% y el 72% de las familias de macroinvertebrados que se encuentran en la acequia Carisucio y el río Fraile respectivamente, son menos tolerantes a la contaminación y están asociadas a aguas ligeramente contaminadas. En síntesis, ambos cauces demuestran un alto detrimento en la calidad del agua, superando las condiciones permitidas por la normativa ambiental. El análisis encontrado servirá como herramienta para proponer estrategias de gestión del recurso hídrico que contribuyan a mejorar la calidad ambiental de los cauces en la parte baja de la cuenca.