La trazabilidad es un factor importante para garantizar la calidad de los alimentos que llegan a los consumidores; sin embargo, tiene implicaciones operativas que deben ser abordadas. En este artículo, se desarrolla una metodología que considera un modelo matemático de programación no lineal entera mixta, el cual, atiende las implicaciones productivas y los costos asociados con la trazabilidad, incorporando el costo potencial de retirar productos del mercado, como principal componente de la trazabilidad, en el cálculo del tamaño de lote. Los aportes centrales del modelo son la consideración de la lista de materiales del producto y la consideración de diferentes lotes de materia prima, con niveles de riesgo y costos diferentes. Con esta investigación, se logró identificar que la variabilidad en los parámetros de capacidad y de riesgo de los lotes de la materia prima impactan en el costo potencial de retirar productos del mercado y, por ende, en la definición del tamaño de lote de producción.