Las aguas residuales organicas son descargas liquidas que contribuyen con una contaminacion de alto impacto sobre los cuerpos receptores: rios, lagos, embalses y el mar, ademas sobre los suelos y acuiferos. Para ayudar a resolver este problema ambiental, esta investigacion se llevo a cabo con el objetivo de optimizar la eficiencia de los filtros ascendentes anaerobicos, separandolos en dos y tres fases a escala de laboratorio, que se operaron con tiempos de retencion: 18 ± 0.5 horas y 16 ± 0.5 horas respectivamente, con tres cargas volumetricas organicas: baja: 2.25, media: 3.45 y alta: 4.64; Kg DQO/m3-dia y con temperaturas de 20, 27 y 34oC. En los reactores de dos fases (DI-FAFS) se obtuvieron eficiencias en la eliminacion de materia organica de hasta 72% DQO, con una relacion volumetrica de Fase I/Fase II = 20/80% y en los rectores de tres fases (TRI-FAFS) fue posible aumentar las eficiencias hasta 95%DQO con relaciones volumetricas de Fase I/Fase II/Fase III de 10/10/80%, obteniendo reactores optimos para tratar aguas residuales organicas con alta eficiencia, con gran beneficio economico y ambiental.