La identificación de microorganismos a través de técnicas moleculares ha tomado gran popularidad en los últimos años gracias a su precisión. La Reacción en Cadena de la Polimerasa (PCR) es una técnica de diagnóstico molecular sumamente valorada por su rapidez de resultados, alta sensibilidad y especificidad, sin embargo, el rendimiento de esta técnica dependerá de la calidad del ADN extraído. Las muestras fecales contienen una gran cantidad de sustancias, como sales que pueden comportarse como inhibidores para la PCR, por esta razón, se llevó a cabo este estudio donde se evaluaron algunas modificaciones a técnicas de extracción de ADN bacteriano por medio de la metodología fenol-cloroformo en 10 muestras fecales tomadas de pacientes diagnosticados con infección por Helicobacter pylori en el departamento del Atlántico. En el método final se obtuvo una concentración promedio de ADN de 1.501,0 ng/µl.