Objetivo. Determinar la prevalencia de agentes zoonóticos en caninos y felinos en Medellín, Colombia. Materiales y métodos. Se muestrearon 1501 individuos para el análisis de parásitos gastrointestinales zoonóticos por medio de coprología directa y flotación. Se examinaron 500 sueros caninos por medio de PARP-2ME y MAT para el diagnóstico de Brucella canis y Leptospira sp, respectivamente. Se procesaron 500 sueros felinos por medio de IFI para el diagnóstico de Toxoplasma gondii. Se estableció la frecuencia para cada zoonosis y la significancia estadística para las diferentes variables (p≤0.05; OR≥1; IC 95%). Resultados. El 23.6% de los caninos y 16.3% de los felinos fueron positivos a parásitos gastrointestinales, siendo los Ancylostomideos y D. caninum los más prevalente, respectivamente; la especie, edad, sexo, sector, estrato socioeconómico y el mes de muestreo presentaron asociaciones con el parasitismo gastrointestinal en mascotas. En caninos se evidenció una seroprevalencia del 6.6% para B. canis y 8.4% para Leptospira sp; en felinos del 56.2% para T. gondii. Todas las anteriores asociadas con la zona de muestreo, mes, edad y estrato. Conclusiones. Las mascotas ubicadas en diferentes comunas y estratos socioeconómicos con condiciones de calidad de vida menores representan un riesgo de transmisión zoonótica.