Objetivo: Detectar el virus Epstein-Barr en estudiantes de secundaria entre los 14 y 17 años de la ciudad de Cali, Colombia y su posible asociación con la edad, sexo y grado escolar.Métodos: Estudio retrospectivo de corte transversal en donde se analizaron 374 muestras de saliva, tomadas entre el año 2015 y 2016, mediante PCR convencional y PCR en Tiempo real. Se evalúo la asociación entre la detección del ADN viral y las características demográficas, además de un análisis de razón de oportunidades para evaluar la medida de la asociación.Resultados: El ADN viral fue detectado en el 45% (167/374) de las muestras orales, encontrándose una presencia viral mayor en los escolares de los grados octavo y noveno (p=0,004); en donde los estudiantes de 14 años presentaron un riesgo de 2,4 veces mayor para la detección del virus (IC 95%:1,12-4,9) en comparación con los estudias de más edad.Conclusión: En el presente estudio se evidencio la exposición del VEB en la cavidad oral de estudiantes de secundaria, lo cual hace necesario que se tomen acciones de vigilancia que permitan monitorear las implicaciones de estos hallazgos en la salud de los escolares.