En este artículo presentamos resultados de un estudio que tuvo como objetivo caracterizar la construcción del Conocimiento Profesional del Profesor de Ciencias en los espacios académicos de Práctica Pedagógica I y Práctica Pedagógica II, desarrollada al interior de la Licenciatura en Ciencias Naturales: Física, Química, Biología de la Universidad Surcolombiana (Neiva, Colombia). Partimos de un enfoque cualitativo prospectivo longitudinal, haciendo uso del método de análisis de contenido a través del software Atlas. Ti 7.0. Como instrumentos para la recolección de información, empleamos la observación participante y el análisis documental realizado sobre las producciones de los futuros docentes. Sistematizamos la acción de dos futuros profesores durante 3 meses en el primer semestre del 2015. Para el análisis tuvimos en cuenta componentes del Conocimiento Didáctico del Contenido, encontrando en los resultados una movilización actitudinal y contextual por parte de los futuros docentes frente al desarrollo de sus prácticas profesionales, al igual, evidenciamos una marcada postura reflexiva y crítica sobre la enseñanza-aprendizaje de las ciencias, lo que les permitió una mejor autorregulación en los procesos de configuración de un Conocimiento del Profesor específico.