El artículo analiza el conflicto armado en la región Caribe y su inserción en la Universidad del Atlántico entre 1998 y 2006. Desde el campo de la historia reciente y los estudios sobre conflicto armado, se problematiza la manera en que esta institución de educación pública fue fracturada social, política y culturalmente por el accionar del Bloque Norte y del Frente José Pablo Díaz de las Autodefensas Unidas de Colombia. Se examinan, a partir de distintas fuentes de organismos del Estado, archivos de organizaciones sociales y prensa del periodo de estudio, las modalidades diferenciadas del conflicto armado en el departamento del Atlántico y su relación con el asesinato selectivo, desplazamiento y estigmatización de líderes estudiantiles y sindicales de la Alma Máter, y los modos en que estas tramas de violencia coincidieron con la crisis financiera que vivió la institución.