La investigación se realizó en Venezuela desde septiembre de 2015 hasta agosto de 2016 con la finalidad de determinar la dinámica de la infección por Cystoisospora suis en una granja piloto. Para la determinación parasitaria se colectaron 480 muestras fecales de camadas, distribuidas en cuatro grupos de edades: grupo 1 (1-7 días de edad, 20 %), grupo 2 (8–14 días, 47 %), grupo 3 (15-21 días, 23 %) y grupo 4 (22-28 días, 10 %). Todas las muestras se cultivaron en dicromato de potasio al 2.5% y posteriormente se procesaron con una técnica de centrifugación-flotación. Los resultados señalan que C. suis se encontró presente durante todo el período de estudio con 52.08 % de prevalencia, y presentando mayor frecuencia en lechones con dos semanas de vida. Posiblemente, las condiciones de manejo y salubridad de la granja favorecen los mecanismos de sobrevivencia y proliferación del parásito. Con respecto al mes de muestreo, no se encontró significancia (P>0.05) entre las constantes meteorológicas y la prevalencia por C. suis, lo que podría indicar que el ambiente no tuvo ningún efecto sobre la presencia del protozoario. Los datos recolectados en la encuesta epidemiológica se analizaron mediante una prueba de correlación de Spearman, y se determinó asociación significativa (P<0.05) entre la prevalencia y la asistencia veterinaria, protocolo de desinfección 3 y empleo de Baycox al 5%. Se concluye que las condiciones meteorológicas registradas son óptimas para que ocurra el proceso de esporulación, y por tanto, para mantener viables ooquistes de C. suis durante todo el año.