Las microalgas son fuentes de lipidos con potencial en producir biocombustibles y suplementos alimentarios en gran escala. El presente estudio tiene como objetivo evaluar el papel de los solventes organicos apolares y proticos polares (proporcion 1:2) en la extraccion y cuantificacion de lipidos totales y esteres metilicos de acidos grasos (FAMEs sigla en ingles) en la microalga Scenedesmus. sp. A las muestras liofilizadas fueron cuantificados los lipidos por Blight & Dyer (B&D) modificado y pre-tratadas con acido clorhidrico 3 mol.L-1 (con y sin HCl). El cloroformo fue reemplazado por acetato de etilo, eter de petroleo y eter etilico, y el metanol por etanol, isopropanol y terc-butanol. Los FAMEs en los tratamientos, con o sin adicion de HCl, fueron determinados por cromatografia de gases. Los resultados evidenciaron que la mayor extraccion de lipidos y FAMEs con HCl en los tratamientos se explica por rompimiento de la celular y liberacion de los lipidos. Los solventes organicos y los alcoholes mostraron una eficiencia adecuada en presencia de HCl, igualmente el eter de petroleo y etanol demostraron resultados similares con B&D utilizado como referencia. En conclusion, la combinacion entre los solventes apolares e proticos polares aumentaron la extraccion y los rendimientos, especialmente cuando el eter de petroleo o el eter etilico con etanol (HCl), proporcionando los FAMEs insaturados de lipidos neutros.