Este artículo de investigación analiza las percepciones de los profesores de la Universidad de Colima en torno a los valores que definen su ética profesional en el ámbito de la docencia e investigación, así como los diferentes dilemas y/o conflictos que enfrentan a nivel laboral para alcanzar un equilibrio entre las exigencias institucionales y sus necesidades personales. En la recolección de la información se utilizó un cuestionario compuesto de 24 preposiciones y una guía de entrevista semiestructurada con 5 preguntas centrales. En cada fase metodológica, se seleccionaron dos muestras, la primera integrada por 51 profesores considerados por sus estudiantes como “mejores docentes” y, la segunda, por 10 profesores elegidos de manera aleatoria de las cinco sedes que presenta la universidad en el Estado de Colima. Los resultados permiten identificar la prevalencia de cinco valores profesionales: compromiso, diálogo y cooperación y conocimiento e innovación. Sin embargo, también se advierten dilemas éticos relacionados con los bajos salarios, las dificultades para regular su autoridad en el aula, relacionarse con sus compañeros y trabajar en equipo.