Este estudio evalúa la relación entre percepción de habilidad, reto, relevancia de la tarea y compromiso cognitivo y afectivo en 88 estudiantes colombianos de secundaria durante clases de Ciencias. Igualmente, indaga si las relaciones entre percepción de habilidad, reto, relevancia y compromiso están moderadas por tipo de asignatura y género, y si existe relación entre compromiso y desempeño académico. El diseño del estudio es descriptivo correlacional y predictivo. Se usó el método de muestreo de experiencias (ESM) para tomar medidas repetidas del compromiso y de las percepciones de habilidad, reto y relevancia. Dada la característica anidada de los datos, se realizaron análisis lineales jerárquicos. Las percepciones de habilidad, reto y relevancia predicen el compromiso cognitivo y afectivo. Género y tipo de curso emergen como moderadores de las relaciones entre estas percepciones y compromiso. A su vez, el compromiso cognitivo y afectivo predice el desempeño académico en Ciencias. Se discuten las implicaciones educativas del estudio.