Introduccion: Staphylococcus aureus es un importante patogeno, puede causar infecciones leves de piel, hasta enfermedades con compromiso vital. La aparicion de Staphylococcus aureus meticilino-resistentes, MRSA; ha aumentado su resistencia antimicrobiana, especialmente a β-lactamicos; dificultando el manejo de las infecciones, aumentando las tasas de morbi-mortalidad, convirtiendose en un problema de salud publica. La expresion fenotipica de la resistencia suele ser heterogenea, dificultando su deteccion en el laboratorio por metodos convencionales; lo cual, incrementa los costos en la atencion hospitalaria de infecciones por MRSA. Objetivo: Comparar metodos fenotipico y genotipico para la identificacion de aislamientos hospitalarios de MRSA en centros hospitalarios de Pereira. Metodos: A partir de aislamientos de S. aureus obtenidos de tres instituciones de salud de alta complejidad clasificadas como A, B y C; se determino la resistencia a meticilina por concentracion minima inhibitoria en sistemas automatizados y el gen mecA por PCR multiple. Resultados: La prevalencia fenotipica de MRSA fue 44,4%, la institucion A presento la mayor tasa con 48,65%. La prevalencia genotipica fue 57,4%; en las instituciones A, B y C fue 55,2%, 41,7% y 75%, respectivamente, con diferencia estadisticamente significativa ( p <0.05). La sensibilidad y especificidad del metodo fenotipico fue 99,0% y 94,7%, respectivamente, frente al metodo gold estandar de la PCR. El indice Kappa fue 0,942 indicando un nivel de concordancia muy bueno entre metodos. Conclusion: La prevalencia de aislamientos MRSA en las instituciones de Pereira fue alta. Los indices de concordancia de los metodos fenotipicos demostraron que son confiables para el diagnostico de infecciones por MRSA.