Introducción. Los factores de riesgo cardiovascular (FRCV) tienen su origen en la infancia. Existen estudios que muestran diferencias en la prevalencia de los FRCV en el área rural y urbana posiblemente asociadas a los estilos de vida.Objetivos. El presente estudio describe los FRCV identificados en niños de una población rural y una población urbana en Colombia.Materiales y métodos. Estudio de corte transversal realizado entre marzo y junio de 2013 en escolares de un área urbana y otra rural en Colombia. Se realizaron mediciones de peso, ta-lla, presión arterial, triglicéridos, glicemia y colesterol total en ayunas, y se aplicó una encues-ta alimentaria sobre actividad física y tabaquismo pasivo. Se evaluaron prevalencias de los FRCV con un IC95%.Resultados. 1055 escolares, 833 (urbanos), 222 (rurales), promedio de edad de 6.71 años. La prevalencia de FRCV en la población de estudio rural/urbano fue para sedentarismo 68.69%/90.16%, dieta no saludable 97.18%/95.44%, tabaquismo pasivo 11.16%/14.52%, obe-sidad 0%/5.64%, hipertensión arterial 6.31%/11.28%, diabetes 0%/0%, hipercolesterolemia 18.28/16.31%. El 99.15% de la población de estudio presentó al menos un FRCV, promedio área urbana de 3.14 (DE: 1.12), y rural 2.76 (DE: 1.1). Los niños con exceso de peso presen-taron mayor prevalencia de hipertensión arterial, 15,21%, y de sedentarismo, 90.69%, comparado con aquellos sin exceso de peso, 8,98 %, y 84,32% respectivamente.Conclusiones. Nuestros resultados evidencian una alta prevalencia de FRCV en niños, siendo mayor en el área urbana. Es necesario la implementación de estrategias en salud pú-blica adaptadas a la población rural y urbana.