Este trabajo evaluó la condición ambiental de un tramo del Río San Juan por medio del índice de calidad ecológico (ICE) usando como grupo indicador las algas perifíticas. El método determinó un gradiente ambiental a partir de correlaciones entre variables fisicoquímicas y abundancia a través de un análisis de correspondencias canónicas, las puntuaciones obtenidas en cada punto de muestreo se utilizaron en una correlación estandarizada para un modelo de promedios ponderados (WA) que finalmente permitieron estimar el óptimo y la tolerancia de cada taxón. El agrupamiento determinó tres conjuntos, uno de ellos reunió estaciones y períodos con mayores valores medios de sólidos disueltos y ortofosfatos y menores en cuanto a la alcalinidad y ICESJ-Alg, a este grupo se asociaron la estación 2 (Quebrada la Chaparrala) y la estación 5 (Sitio Remolinos), ambos sitios se caracterizan por aguas turbias e intervención antrópica. En contraste, otro grupo tendió a registrar las tendencias contrarias, es decir, tendencia a mayores valores de la alcalinidad y el índice, características de la estación 1 (Charco corazón, sitio caracterizado por aguas claras con reducida intervención antrópica). La clasificación de los sitios ubicados en el tramo del Río usando el ICE explicó que las concentraciones de los sólidos disueltos, la alcalinidad y los ortofosfatos definieron las categorías de estado ecológico, se identificó que a mayores concentraciones de sólidos disueltos y ortofosfatos y a menores concentraciones de la alcalinidad el ICESJ-Alg es menor, es decir la calidad ecológica de las algas perifíticas disminuye. El índice brindó una respuesta objetiva y rigurosa para evaluar en forma numérica la posición de cada una de las estaciones del tramo del Río San Juan basada en la biota y variables fisicoquímicas propias del sistema.